PMAT: Werkzeug zur Assemblierung mitochondrialer Genome von Pflanzen
Mitochondriale Genome von Pflanzen (Mitogenome) sind entscheidend für das Verständnis nukleozytoplasmatischer Interaktionen, der Pflanzenevolution und der Züchtung zytoplasmatischer männlicher steriler Linien. Ihre vollständige Zusammenstellung ist jedoch aufgrund häufiger Rekombinationsereignisse und horizontaler Gentransfers eine Herausforderung. Herkömmliche Methoden unter Verwendung von Sequenzierungsdaten von Illumina, PacBio und Nanopore führen häufig zu einer unzureichenden Vollständigkeit der Zusammenstellung, geringen Sequenzierungsgenauigkeit und hohen Kosten, was ihre Anwendbarkeit einschränkt. Aufgrund dieser Herausforderungen besteht Bedarf an einer effizienteren und genaueren Zusammenstellungsmethode, um eingehende Forschungen zu pflanzlichen Mitogenomen durchführen zu können. Forscher der Nanjing Forestry University haben in Zusammenarbeit mit der Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences und der Chinese Academy of Agricultural Sciences ein effizientes Zusammenstellungs-Toolkit (PMAT) für die De-novo-Zusammenstellung pflanzlicher Mitogenome unter Verwendung von HiFi-Sequenzierungsdaten mit geringer Abdeckung entwickelt. Die Studie (DOI: 10.1093/hr/uhae023) wurde am 26. Januar 2024 in der Zeitschrift Horticulture Research veröffentlicht und stellt…




